Samuel Zidarič

Data engineer presso Infordata Sistemi, Trieste. Lavoro nel punto in cui cervelli e algoritmi si intralciano a vicenda — al momento questo significa domare i dati, trasformare il rigore scientifico in qualcosa che ogni tanto sopravvive all'impatto con la realtà. In concreto: schemi PostgreSQL, pipeline in Python e sistemi RAG per la ricerca ambientale finanziata dall'UE (REMEDIES, INSPIRE, KARST FIREWALL 5.0, TASC-RestoreMed, CLEAR-WATER).

Formazione in neuroscienze — MSc a Vienna (Zimmer Lab, optogenetica su C. elegans), BSc a Trieste (Tongiorgi Lab, BDNF nello sviluppo neuronale).

Lavoro

Infordata Sistemi Srl (giu 2024 – presente, tirocinante → data scientist). Lavoro su database e pipeline attraverso un insieme mutevole di progetti ambientali finanziati dall'UE — REMEDIES (monitoraggio dei rifiuti spiaggiati), INSPIRE (rifiuti fluviali), KARST FIREWALL 5.0 (previsione degli incendi nel Carso), TASC-RestoreMed e CLEAR-WATER. Progettazione di schemi, armonizzazione dei dati tra flussi di monitoraggio eterogenei, un modello XGBoost per gli incendi addestrato su dati storici e sul Fire Weather Index, e un sistema RAG interno sulla documentazione dei progetti. Sempre più spesso, generazione di metadati assistita da LLM (GPT-4, Claude) per le parti che nessuno voleva fare a mano. Stack: python, postgresql, sqlalchemy, fastapi, xgboost, chromadb.

Area Science Park — Laboratorio di Data Engineering (2024 – 2025, borsa FAIR-by-Design). Assegno di ricerca per la costruzione di strumenti Python per la validazione dei dati di sequenziamento Oxford Nanopore, più analisi topologica dei dati applicata a dataset conformi ai principi FAIR. In pratica: rendere il riutilizzo a valle dei dati bioscientifici meno un esercizio di archeologia. Stack: python, snakemake, pandas.

Zimmer Lab, Università di Vienna (2023 – 2024, tesi magistrale). Tesi magistrale sui circuiti sensoriali e comportamentali di C. elegans. Ho testato un nuovo apparato di microscopia optogenetica e tracciamento, analizzato video delle risposte dei vermi e addestrato reti DeepLabCut per il tracciamento delle parti del corpo. Stack: python, deeplabcut, imagej.

BIA Separations (Sartorius) (2022, tirocinante ricercatore). Cicli di cromatografia su sistemi AKTA per la purificazione di proteine, contribuendo allo sviluppo di metodi a valle per vettori AAV e adenovirali. In parallelo, saggi analitici standard — SDS-PAGE, Bradford, PicoGreen.

Tongiorgi Lab, Università di Trieste (2019, tesi triennale). Tesi triennale sul ruolo del BDNF nello sviluppo neuronale — PCR, sezionamento al criostato, elettroforesi su gel, ibridazione in situ.

Progetti

Zingarate — diario di viaggio. Note e itinerari da un piccolo archivio di viaggi in Europa; attualmente Repubblica Ceca (ottobre 2025) e Scozia (marzo 2026, in corso).

Vocabularies — browser per i vocabolari controllati dell'UE e FAIR (specie, habitat, categorie di rifiuti marini, pressioni ambientali) usati nei progetti qui sopra. Clicca un codice per copiarlo. Niente account, niente framework.

SM-Knowledge-Base — sistema interno di Q&A con retrieval augmented sulla documentazione dei progetti di Infordata, costruito con fastapi, chromadb e un re-ranker cross-encoder. Non pubblico.

GoCheckIt — sidecar di monitoraggio della qualità dei dati che sorveglia gli schemi di produzione per rilevare deriva di forma e contenuto. python, yaml, streamlit. Interno.

Formazione

Master in Data Management and Curation (MDMC) (SISSA e Area Science Park, 2024 – 2025). Programma professionale di dieci mesi, 60 ECTS, sulla gestione dei dati di ricerca FAIR-by-design — scienza aperta, RDM, Python scientifico, infrastruttura cloud, IA per applicazioni scientifiche.

Laurea Magistrale in Neuroscienze (Università di Trieste, 2021 – 2024). Neurobiologia cellulare e molecolare, neuroanatomia, neurofarmacologia, neurofisiologia molecolare, neuroscienze cognitive. Tesi presso lo Zimmer Lab di Vienna.

Laurea Triennale in Biologia (Università di Trieste, 2017 – 2021). Fondamenti di biologia generale, chimica, anatomia, biologia molecolare e genetica. Tesi presso il Tongiorgi Lab.

Premi: borsa di studio al merito della Banca di Credito Cooperativo ZKB per la Laurea Magistrale in Neuroscienze (2021–2024); borsa di ricerca FAIR-by-Design ad Area Science Park (2024–2025).

Altro

Ho giocato a pallacanestro fino al 2023 (allenatore di squadre giovanili 2016–2021, brevemente insegnante di scuola media nel 2021), host all'osmiza di famiglia Osmica Zidarich. Fuori dal lavoro: Warhammer 40K, Adler, pittura occasionale.

Contatti

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