Samuel Zidarič

Podatkovni inženir pri Infordata Sistemi, Trst. Delam tam, kjer si možgani in algoritmi stopajo na prste — trenutno to pomeni krotenje podatkov in spreminjanje znanstvene discipline v nekaj, kar občasno preživi stik z resničnostjo. Konkretno: sheme PostgreSQL, cevovodi v Pythonu in sistemi RAG za okoljske raziskave, financirane s strani EU (REMEDIES, INSPIRE, KARST FIREWALL 5.0, TASC-RestoreMed, CLEAR-WATER).

Izobrazba iz nevroznanosti — magisterij na Dunaju (Zimmer Lab, optogenetika C. elegans), diploma v Trstu (Tongiorgi Lab, BDNF v razvoju nevronov).

Delo

Infordata Sistemi Srl (jun. 2024 – danes, pripravnik → podatkovni znanstvenik). Delo s podatkovnimi bazami in cevovodi na spreminjajočem se naboru okoljskih projektov, financiranih s strani EU — REMEDIES (spremljanje odpadkov na plažah), INSPIRE (rečni odpadki), KARST FIREWALL 5.0 (napovedovanje požarov na Krasu), TASC-RestoreMed in CLEAR-WATER. Načrtovanje shem, usklajevanje podatkov med heterogenimi tokovi spremljanja, model XGBoost za napovedovanje požarov, naučen na zgodovinskih zapisih in indeksu Fire Weather Index, ter interni sistem RAG nad projektno dokumentacijo. Vse pogosteje generiranje metapodatkov s pomočjo LLM (GPT-4, Claude) za dele, ki jih nihče ni želel početi ročno. Nabor orodij: python, postgresql, sqlalchemy, fastapi, xgboost, chromadb.

Area Science Park — Laboratorij za podatkovni inženiring (2024 – 2025, štipendija FAIR-by-Design). Raziskovalna štipendija za gradnjo orodij v Pythonu za validacijo podatkov sekvenciranja Oxford Nanopore ter topološka analiza podatkov, uporabljena na zbirkah, skladnih z načeli FAIR. V praksi: napraviti ponovno uporabo bioznanstvenih podatkov manj podobno arheološkemu izkopavanju. Nabor orodij: python, snakemake, pandas.

Zimmer Lab, Univerza na Dunaju (2023 – 2024, magistrska naloga). Magistrska naloga o senzorično-vedenjskih vezjih C. elegans. Preizkusil sem nov mikroskopski sistem za optogenetiko in sledenje, analiziral video posnetke odzivov črvov ter naučil mreže DeepLabCut za sledenje delov telesa. Nabor orodij: python, deeplabcut, imagej.

BIA Separations (Sartorius) (2022, raziskovalni pripravnik). Kromatografski postopki na sistemih AKTA za čiščenje beljakovin, s prispevkom k razvoju metod za vektorje AAV in adenoviruse. Ob tem standardni analitski testi — SDS-PAGE, Bradford, PicoGreen.

Tongiorgi Lab, Univerza v Trstu (2019, diplomska naloga). Diplomska naloga o vlogi BDNF v razvoju nevronov — PCR, rezanje s kriostatom, gelska elektroforeza, in-situ hibridizacija.

Projekti

Zingarate — potopisni dnevnik. Zapiski in poti iz majhnega arhiva potovanj po Evropi; trenutno Češka (oktober 2025) in Škotska (marec 2026, v teku).

Vocabularies — brskalnik za nadzorovane slovarje EU in FAIR (vrste, habitati, kategorije morskih odpadkov, okoljski pritiski), uporabljene v zgornjih projektih. Klikni katero koli kodo za kopiranje. Brez računov, brez ogrodij.

SM-Knowledge-Base — interni sistem za vprašanja in odgovore z retrieval-augmented pristopom nad Infordatino projektno dokumentacijo, zgrajen s fastapi, chromadb in cross-encoder re-rankerjem. Ni javen.

GoCheckIt — pomožni sistem za spremljanje kakovosti podatkov, ki nadzoruje produkcijske sheme glede odstopanj v obliki in vsebini. python, yaml, streamlit. Interno.

Izobrazba

Master in Data Management and Curation (MDMC) (SISSA in Area Science Park, 2024 – 2025). Desetmesečni strokovni program, 60 ECTS, o upravljanju raziskovalnih podatkov po načelu FAIR-by-design — odprta znanost, RDM, znanstveni Python, oblačna infrastruktura, UI za znanstvene aplikacije.

Magisterij iz nevroznanosti (Univerza v Trstu, 2021 – 2024). Celična in molekularna nevrobiologija, nevroanatomija, nevrofarmakologija, molekularna nevrofiziologija, kognitivna nevroznanost. Magistrska naloga v Zimmer Lab na Dunaju.

Diploma iz biologije (Univerza v Trstu, 2017 – 2021). Temelji splošne biologije, kemije, anatomije, molekularne biologije in genetike. Diplomska naloga v Tongiorgi Lab.

Nagrade: štipendija za odličnost Zadružne kraške banke ZKB za magisterij iz nevroznanosti (2021–2024); raziskovalna štipendija FAIR-by-Design na Area Science Park (2024–2025).

Drugo

Do leta 2023 sem igral košarko (treniral mladinske ekipe 2016–2021, na kratko učitelj na srednji šoli leta 2021), gostitelj na družinski osmici Osmica Zidarich. Izven dela: Warhammer 40K, Adler, občasno slikanje.

Kontakt

samzidaric@gmail.com · GitHub · LinkedIn · CV (PDF)